新政爭議：
新政或使國內奶企業投資海外
此次辦法僅僅約束國內生產企業，對國外生產企業銷售到中國的產品沒有限制。很多內業人士擔心，注冊制若規則不一樣，將會逼著國內的奶企業到國外去收購或參股小廠。這樣的后果是必然影響到我國的奶農，打擊我國的養殖業。
據了解，現在國內有不少企業在海外有生產基地，還有一些通過跨境電商進入中國市場銷售的產品，一位業內專家指出，去年，新西蘭出口到中國的有200多個品牌，但是真正新西蘭本土品牌的寥寥無幾，這些品牌基本上都是來自幾家新西蘭企業代加工，然后專銷中國市場。
專家建議，配方注冊制應當規定，凡是中國境內生產及流通的奶粉品牌及配方都必須經過配方注冊許可，這樣可以將純進口奶粉納入其中，有效提升政策實施效果。
其他亮點
或將限定企業申請配方數量
征求意見稿對企業申請配方奶粉的數量提供了兩種設想方案：一種方案是同一企業申請注冊的同年齡段產品配方之間應當具有明顯差異，食品安全國家標準規定的可選擇性成分應當相差6種以上，并有科學依據證實；
另一種方案是直接限定企業申請配方數量：同一企業申請注冊的同年齡段產品配方之間應當具有明顯差異，并有科學依據證實，每個企業不得申請注冊超過5個系列15種產品配方。
同時規定，同一企業注冊的一個產品配方只能生產一種產品，不得用同一配方生產不同品牌的嬰幼兒配方奶粉，不得限定區域銷售，不得為銷售商專門定制生產。
