2012年10月10日，浙江在線發表了《寶寶拉肚子是"合生元"奶粉惹的禍?雙方各執一詞》。文章顯示，上虞市豐惠鎮的陳先生近日從“合生元”奶粉經銷商處退回了228元奶粉錢，同時獲得3罐價值684元的“合生元”嬰兒奶粉及1份“寶寶禮物”。
“能夠維權成功，多虧了工商部門介入。”昨天下午，陳先生接受記者采訪時說。消費者陳先生一口咬定，寶寶拉肚子系吃了有質量問題的“合生元”奶粉所致，而且提出罐內壁有結塊就是真相。而廠方則認為，奶粉質量沒有問題，罐內壁有結塊可能是消費者開罐后進水受潮所致。并分析寶寶拉肚子的原因，或是剛開始吃奶粉不適應，或是這個季節寶寶拉肚子的較多等。
2012年10月9日，中國日報網報道了《陷“乳礦物鹽”丑聞曝合生元兒童乳鈣咀嚼片含違禁物》。報道顯示，2012年9月，“乳礦物鹽”成為了中國乳業的關鍵詞，并引發了多米諾骨牌效應。繼光明和蒙牛前后卷入“乳礦物鹽”的風波后，日前，合生元也被爆出含違禁物“乳礦物鹽”的丑聞。
記者發現合生元旗下一款名為合生元兒童微囊乳鈣咀嚼片的產品，在其宣傳語中這樣寫道：“合生元兒童微囊乳鈣咀嚼片(水果味)，有多種水果味和奶味，特別的雙層片設計，豐盈口感、多重風味，讓寶寶愛上吃鈣片!”其產品配料為：微囊乳鈣粉(乳礦物鹽、磷脂)，乳粉，藍莓粉，草莓粉，甜橙粉，蘋果粉，櫻桃粉，胡蘿卜粉，菠菜粉，食物添加劑(木糖醇、硬脂酸鎂、蘋果酸、檸檬酸)。
而且在產品的說明書中明確注明適宜人群為：有咀嚼能力的3歲以上兒童方可食用本品。但蹊蹺的是，合生元兒童微囊乳鈣咀嚼片包裝上的生產許可證號，在中國QS認證網上顯示的對應產品名稱為糖果制品，但其產品包裝上未標明任何糖果字樣，按照國家的相關規定，普通食品是不能宣傳具有醫療保健功效的。
顯然合生元的這種做法已經涉嫌虛假宣傳，誤導消費者了。有業內人士表示，不僅如此，如果誤信其宣傳的話，會使孩子喪失補鈣的最佳時機。
2012年9月28日，親貝網報道了《8月大寶寶發燒腹瀉疑與合生元奶粉結蟲有關》。報道顯示，2012年9月23日，外公在給一歲八個月的外孫女沖泡合生元金裝3段奶粉時無意間發現奶粉中有類似網的絲線?？吹竭@一場景著實令人吃驚，一家人對孩子的奶粉進行了詳細的檢查，用篩子篩過以后發現奶粉內發現有黑色的小顆粒奶粉結塊小蟲，該奶粉購于2012年8月10日小飛象店。
門店負責人一再托辭并提出要我們自己和商家聯系，聯系廠家后，對方稱屬于正?，F象。并表示他們的產品不會有任何問題，要求對奶粉進行質量鑒定負責咸陽這邊合生元白某則讓我們自己去質檢。而小飛象門店的該負責人表示他們只是銷售其他的就看廠家的。
2012年9月26日，中國網報道了《進口合生元奶粉驚現整只蒼蠅超市稱開罐不驗》。報道顯示，這玩意黑乎乎的，還帶著翅膀，不看則已，一看，趙先生一家人惡心得直想吐，這不是蒼蠅是啥?給孫女吃的奶粉里面，怎么會出現這種東西?趙先生給孫女吃的奶粉，是法國進口的，名叫合生元呵護嬰兒配方奶粉。
