細菌性與病毒性呼吸道感染的臨床癥狀比較相似。下面六個方面是細菌性與病毒性呼吸道感染的區別。
1、流行性病毒性呼吸道感染具有明顯的群體發病的特點，短期內有多數人發病，或一家人中有數人發病;而細菌性呼吸道感染則以散發性多見，患者身旁少有或沒有同時上感發熱病人。
2、病毒性上呼吸道感染一般鼻腔流涕癥狀比咽部癥狀明顯;而細菌性上呼吸道感染則扁桃體或咽部紅腫及疼痛比較明顯。若伴有腹瀉或眼結膜充血，則傾向是病毒感染。
3、單純病毒性呼吸道感染多無膿性分泌物，而膿痰是細菌性感染的重要證據。
4、病毒性感染起病急驟，全身中毒癥狀可輕可重;而細菌感染，起病可急可緩，全身中毒癥狀相對較重。如果開始發熱不高，2-3天后，病情繼而加重，則多為細菌性感染。
5、白細胞計數，一般由病毒感染者白細胞總數偏低或正常，早期中性粒細胞百分數可稍高。而細菌感染時白細胞總數和中性粒細胞百分數均見高。因此，如果臨床不做血像檢查，就難以確定病原體是病毒還是細菌。
6、對有發熱癥狀的上呼吸道感染者，用退熱藥物如阿司匹林或安乃近、復方氨基比林等治療。病毒性感染能取得暫時而明顯的退熱效果，全身癥狀亦有所改善;但細菌性感染者服用同樣劑量的退熱藥，退熱效果較差，全身癥狀亦無明顯改善。
