專家們認為這是由于還存在許多未知的次要HLA沒能匹配導致免疫反應。由于新生兒的免疫系統與兒童或成年人的免疫系統不同，移植臍帶血產生的免疫細胞較不會攻擊宿主的細胞，因此臍帶血移植的組織配型要求不像骨髓移植那么嚴格，也較不容易產生移植物抗宿主反應。調查表明，親屬之間的臍帶血移植，只有5％產生嚴重的移植物抗宿主反應（包括1％導致死亡），非親屬之間的臍帶血移植，也只有20％產生嚴重的移植物抗宿主反應（包括6％導致死亡）。相反的，非親屬間的骨髓移植，即使組織配型良好，也有47％產生嚴重的移植物抗宿主反應，高達33％將會因此死亡。
臍帶血移植還有其他優勢。一半以上的成年人，其白細胞中都存在著一種“細胞肥大病毒”，這種病毒對正常人是無害的，但是對那些接受移植的患者，因為其免疫系統受抑制，任何病毒都可能是致命的。事實上，由于骨髓移植帶來的細胞肥大病毒，導致了10％的患者死亡。而只有1％的新生兒在子宮中感染了細胞肥大病毒，因此在這方面，臍帶血移植也要安全得多。臍帶血移植在時間上也有優勢。尋找骨髓移植的供體很花時間，平均需要4個月。在這段時間內，供體候選人要被抽血檢驗組織配型以及檢測各種病毒。而臍帶血在儲存之前已經經過了組織配型檢驗和病毒監測，一旦需要，三、四天內即可提供。
有必要保存臍帶血嗎?
臍帶血移植既然有這些好處，是否在分娩后要保存起來，“為孩子投一份生命保險”呢？并不需要。一個孩子需要進行臍帶血移植的概率極低，只有十萬分之一。為這么低的概率花那么高的儲存費用，是不值得的。而且，萬一需要臍帶血移植，一般也不能用自己的臍帶血，因為如果所要治療的疾病是遺傳導致的話，臍帶血同樣攜帶著突變的基因，移植自己的血液是無濟于事的。當然，如果在移植之前，能夠用基因療法修正臍帶血中的突變基因，那么是可以用自己的臍帶血進行治療的。但是，在近期內，還不可能做到這一點，因此，在現在，對絕大多數家庭來說，為自己的孩子儲存臍帶血只是浪費錢，沒有任何意義。如果你生過患白血病或其他遺傳性免疫疾病的兒子，或有這類遺傳病的家族史，儲存臍帶血才有意義。在這種情況下，你的親屬用到臍帶血的可能性大大增加，手術也更可能成功。
